高性能计算集群技术讲座

讲座时间：2014年7月9 日 下午13:30-16:00   地点: B-210
上机时间 2014年7月10日9:00-16:00。有需要上机的同学或老师，请于7月7日前发送邮件至yangxin@genetics.ac.cn进行报名，上机实验地点将根据报名人数另行通知（此次上机实验不会产生任何机时费用）。
联系人  杨鑫 64887292   yangxin@genetics.ac.cn

报告一  高性能计算集群介绍
报告人：杨鑫
报告人简介：杨鑫，高性能计算集群系统管理员，负责高性能计算集群的管理维护，对集群的管理、使用、维护具有丰富经验。
内容简介：
        介绍我所新购置高性能计算集群的总体概况、登录方式、收费标准及优惠信息。

报告二   集群使用方法
报告人：姜金良
报告人简介：姜金良，博士，曙光信息产业（北京）有限公司解决方案中心高性能计算方案部工程师，负责生命科学领域高性能计算解决方案规划、用户技术支持、高性能计算技术研究等工作。实施管理过多套高性能计算集群，在集群的配置与管理等方面具有丰富经验。
内容简介：
1  Linux Shell编程
        Linux shell——bash的基本结构和语法，涵盖bash的执行方式、变量、函数、输入输出、分支判断和循环等流程控制等内容，此外还会介绍regex正则表达式，以及grep、sed、awk等Linux下常用的字符和数据处理工具。
2  作业调度
        如何通过作业调度系统提交作业，介绍PBS的基本原理，编写PBS脚本的基本语法规范，如何提交作业、删除作业等内容。

报告三   Seqkit- 可订制化的数据分析工具
报告人：戴莲
报告人简介：戴莲，女，硕士，毕业于中国农业科学院。2009年至2014年在华大基因任职，从事基因测序数据分析及后续技术支持工作。在华大工作期间，参与编写《基因组学》一书，并负责其中单子叶植物基因组研究进展章节的编写。2014年加入华弈生物科技，主要负责高通量转录组测序、外显子组测序数据分析的相关工作。
内容简介：
        SeqKit平台是华弈推出的高通量测序综合数据分析软件，目前已经部署在平台公用服务器上，并可以对外提供服务。该系统包含了丰富的软件模块，涵盖了主要的生物信息研究方向，为数据分析工作人员提供了广阔的定制选择。其高度整合的分析工具、全面的数据库系统、高体验的界面，使得用户只需要轻松的进行设定并提交计算任务，就可以得到分析结果。1.Seqkit的基本使用方法；2.如何通过web面板订制分析流程以及共享分析流程；3.如何使用单个分析模块分析数据；4.如何创建工作流并使用工作流；5.结合案例进行演示。